Na podstawie przeprowadzonej diagnozy sytuacji przedsiębiorstw i nauki, przedstawionej kooperacji pomiędzy tymi obszarami, a także obszaru społeczeństwa informacyjnego oraz dokonanej analizy SWOT, uwzględniając analizę dokumentów strategicznych przyjęto następujące cele szczegółowe służące rozwojowi polskiej gospodarki w oparciu o innowacyjne przedsiębiorstwa:

1.    Zwiększenie innowacyjności przedsiębiorstw
Osiągnięciu celu 1. Zwiększenie innowacyjności przedsiębiorstw będą służyły instrumenty przyczyniające się do zwiększenia roli rozwiązań innowacyjnych w sektorze przedsiębiorstw, zwłaszcza MSP, działających w Polsce, a tym samym przyczyniające się do wzmocnienia roli przedsiębiorstw w procesie budowy gospodarki opartej na wiedzy. Instrumenty wsparcia w ramach PO IG ułatwią przedsiębiorcom, w szczególności MSP, tworzenie, transfer i dyfuzję nowoczesnych rozwiązań, zarówno pomiędzy przedsiębiorcami, jak i przedsiębiorcami i instytucjami otoczenia biznesu.

2.    Wzrost konkurencyjności polskiej nauki
Realizacja celu 2. Wzrost konkurencyjności polskiej nauki będzie służyła wzmocnieniu sektora nauki poprzez z jednej strony zapewnienie odpowiedniej bazy badawczej, a z drugiej ukierunkowanie już istniejących zasobów na prowadzenie badań w dziedzinach priorytetowych dla rozwoju kraju.
Realizacja tego celu zakłada zwiększenie konkurencyjności polskich badań naukowych i prac rozwojowych poprzez koncentrację finansowania badań naukowych na priorytetowych kierunkach oraz poprawę poziomu wyposażenia jednostek naukowych w aparaturę naukowo-badawczą, w tym specjalistyczną i unikatową oraz infrastrukturę informatyczną nauki. Stymulowane będzie również wzmocnienie potencjału kadrowego nauki w drodze jego odmładzania – włączania studentów i doktorantów do prowadzenia badań naukowych, wykorzystanie zagranicznych dobrych praktyk i wzmacnianie współpracy międzynarodowej. Uzupełnieniem powyższych działań będą także inicjatywy konsolidujące jednostki prowadzące działalność B+R. Osiągnięciu powyższych zamierzeń będzie sprzyjała synergia działań uzyskana dzięki wsparciu sektora nauki w ramach IV osi priorytetowej Szkolnictwo wyższe i nauka PO KL oraz XIII osi priorytetowej Infrastruktura szkolnictwa wyższego PO IiŚ nakierowanych na wsparcie uczelni w wiodących ośrodkach akademickich w kraju.

3.    Zwiększenie roli nauki w rozwoju gospodarczym
Osiągnięcie celu 3. Zwiększenie roli nauki w rozwoju gospodarczym przyczyni się do zwiększenia innowacyjności gospodarki, poprzez wzrost liczby skomercjalizowanych wyników prac B+R oraz ich wdrożeń przez przedsiębiorców. Realizacja celu 3. odbywać się będzie w szczególności poprzez dofinansowanie projektów dotyczących badań podstawowych i przemysłowych, prac rozwojowych oraz projektów rozwojowych, a także poprzez wspieranie uzyskiwania ochrony praw własności przemysłowej, komercjalizacji wyników prac B+R oraz ich wdrożeń w gospodarce, co powinno skutecznie zwiększyć nakłady przedsiębiorców w zakresie tworzenia i wdrażania nowych rozwiązań. Uzupełnieniem tych działań będzie wsparcie rozwoju otoczenia instytucjonalnego innowacyjnego biznesu oraz infrastruktury wspomagającej transfer nowych technologii z ośrodków badawczych do przedsiębiorstw.

4.    Zwiększenie udziału innowacyjnych produktów polskiej gospodarki w rynku międzynarodowym
Realizacja celu 4. wpłynie na zwiększenie udziału przedsiębiorstw zarejestrowanych w Polsce w globalnym obrocie gospodarczym oraz tworzenie warunków do zwiększania poziomu inwestycji, w tym inwestycji zagranicznych, w szczególności związanych z najnowszymi rozwiązaniami technologicznymi i nowoczesnymi usługami, wzrost zapotrzebowania na nowe wzory przemysłowe, jak również na zwiększenie intensywności ruchu turystycznego w Polsce.

5.    Tworzenie trwałych i lepszych miejsc pracy
Realizacja tego celu ma dla polskiej gospodarki podstawowe znaczenie ze względu na fakt, że pomimo tendencji spadkowej wciąż wysoka stopa bezrobocia oraz niekorzystna struktura zatrudnienia (wysoki udział rolnictwa i przemysłów schyłkowych) stanowią jeden z podstawowych czynników ograniczających rozwój społeczno-gospodarczy i hamujący wzrost innowacyjności polskiej gospodarki. Cel ten ma charakter horyzontalny, a jego osiągnięcie jest warunkowane realizacją pozostałych celów szczegółowych PO IG.

6.         Wzrost wykorzystania technologii informacyjnych i komunikacyjnych w gospodarce

Osiągnięciu celu 6. będą służyły instrumenty przyczyniające się w końcowym efekcie do wzrostu wykorzystania technologii informacyjnych i komunikacyjnych przez administrację publiczną, przedsiębiorstwa i obywateli, co pozytywnie wpłynie na rozwój polskiej gospodarki i poprawi pozycję Polski wśród krajów Unii Europejskiej pod kątem wykorzystania ICT.