Najczęściej popełnianymi błędami przez Beneficjentów związanymi z rozliczaniem i przedstawianiem wniosków o płatność są:

• błędne wypełnianie tab. 11 w generatorze wniosków szczególnie kol. 5 -gdzie zgodnie z wytycznymi powinno znajdować się następujące dane: numer zadania zgodny z harmonogramem rzeczowo- finansowym, kategoria do jakiej zakwalifikowany został wydatek i jeśli chodzi o wynagrodzenia oraz listy płac nazwisko osoby, której dotyczy koszt kwalifikowany przedstawiony w tab. 11.
• błędy rachunkowe w tab. 11 związane z błędnym naliczaniem składek na PDOF oraz ZUS- Beneficjenci często dopiero po zaakceptowaniu przez IW wniosku o płatność przesyłają informacje o błędnym naliczeniu składek
• rozliczanie przez Beneficjentów większych kwot kwalifikowanych przekraczających kwoty wypłaconych zaliczek -wnioskiem rozliczającym zaliczkę otrzymaną na dany kwartał Beneficjent może rozliczyć tylko do wysokości kwoty  otrzymanej zaliczkę. Beneficjenci dość  często przedstawiają wnioski o płatność przekraczające kwotę wypłaconych zaliczek.
• brak przekazywania wraz z wnioskiem o płatność odpowiednich załączników, które stanowią całość rozliczenia i potwierdzają poniesione wydatki. Chodzi tu o wyciąg bankowy z konta projektowego na dzień złożenia wniosku o płatność  oraz oświadczenie o przedstawionych wydatkach. W przypadku poprawy wniosku o płatność  Beneficjenci zobowiązani są do przesłania również wymaganych załączników.
• brak dokonywania stosownej refundacji z konta projektowego na dzień składania wniosku o płatność- Beneficjenci często dokonują zapłaty z konta ogólnego i przed złożeniem wniosku o płatność nie dokonują refundacji  tych środków z konta projektowego.
• błędne dokonywanie zwrotów kwot niewykorzystanych na 120 dzień w podziale 85% do BGK i 15% do IW – zgodnie z umowa o dofinansowanie Beneficjenci zobowiązani są do rozliczenia po 120 dniach otrzymanej zaliczki zachowując przy tym proporcje 85/15. Zgodnie z zapisami umowy 85% powinno być zwrócone do Płatnika, którym jest BGK a 15% do IW. Ponadto IW zobowiązuje swoich Beneficjentów  do informowania przed dokonaniem zwrotu o wysokości zwracanych w proporcjach środków. Do tego celu IW przygotowało tabelę pomocniczą, która otrzymali wszyscy Beneficjenci.
• nieterminowe rozliczanie zaliczek na 120 dzień - w przypadku nierozliczenia  zaliczki w terminie 120 dni od dnia jej otrzymania IW naliczać będzie odsetki za każdy dzień zwłoki, liczone jak od zaległości podatkowych. Odsetki te powinny być również zwracane zgodnie z proporcją , czyli 85% do BGK i 15% do OPI.
• zwrot odsetek narosłych na kontach projektowych – zgodnie z umową o dofinansowanie odsetki powinny być zwracane na koniec roku do 15.01.2010r.