Program jest odpowiedzią na szanse i wyzwania członkostwa Polski w Unii Europejskiej. Biorąc pod uwagę założenia Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia oraz wyniki przeprowadzonej analizy SWOT główny cel Programu został sformułowany jako: „Podniesienie atrakcyjności inwestycyjnej Polski i jej regionów poprzez rozwój infrastruktury technicznej przy równoczesnej ochronie i poprawie stanu środowiska, zdrowia, zachowaniu tożsamości kulturowej i rozwijaniu spójności terytorialnej”.

Cel ten będzie osiągnięty dzięki inwestycjom w sześciu obszarach – transport, środowisko, energetyka, kultura, ochrona zdrowia i infrastruktura szkolnictwa wyższego – poprzez realizację następujących celów szczegółowych Programu: 

1. Budowa infrastruktury zapewniającej, że rozwój gospodarczy Polski będzie dokonywał się przy równoczesnym zachowaniu i poprawie stanu środowiska naturalnego.
2. Zwiększenie dostępności głównych ośrodków gospodarczych w Polsce poprzez powiązanie ich siecią autostrad i dróg ekspresowych oraz alternatywnych wobec transportu drogowego środków transportu.
3. Zapewnienie długookresowego bezpieczeństwa energetycznego Polski poprzez dywersyfikację dostaw, zmniejszenie energochłonności gospodarki i rozwój odnawialnych źródeł energii.
4. Wykorzystanie potencjału kultury i dziedzictwa kulturowego o znaczeniu światowym i europejskim dla zwiększenia atrakcyjności Polski.
5. Wspieranie utrzymania dobrego poziomu zdrowia zasobów pracy.
6. Rozwój nowoczesnych ośrodków akademickich, w tym kształtujących specjalistów w zakresie nowoczesnych technologii.